1、重点不同
经济技术开发区既着眼于产业发展的规律又着眼于区域发展规律，高新区更多的是着眼于产业发展规律。
2、范围不同
经济技术开发区的发展方向是技术密集型产业，经济结构较为单一；享受的优惠条件少于经济特区；着重于发挥枢纽作用，即对内对外辐射作用，沟通中外经济联系，通过外引内联促进内地经济发展与对外贸易，为繁荣全国经济作出贡献。
高新技术的范围包括微电子科学和电子信息技术，空间科学和航空航天技术，材料科学和新材料技术，光电子科学和光机电一体化技术。
生命科学和生物工程技术，能源科学和新能源、高效节能技术，生态科学和环境保护技术，地球科学和海洋工程技术，基本物质科学和辐射技术，医药科学和生物医学工程，其它在传统产业基础上应用的新工艺、新技术。
3、意义目的不同
建设经济技术开发区的主要任务是引进、吸收先进技术和现代管理经验；扩大出口贸易，增加外汇收入，积累建设资金；开发国内紧缺产品，满足全国生产建设需要；及时掌握和传播经济技术信息；培养各方面人才，以适应进一步对外开放工作的需要。
建设高新技术产业开发区，是中国经济和科技体制改革的重要成果，是符合中国国情的发展高新技术产普的有效途径。
现阶段要进一步依靠体制创新和科技创新，强化功能建设，营造吸引优秀科技人员和经营管理者创新创业的良好环境，成为科技创新和产业化发展重要基地，在区域经济发展中发挥辐射和带动作用。